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甲氨基乙醛缩二甲醇可用作医药合成中间体，如制备甲巯咪唑，化学名为1-甲基咪唑-2-硫醇，为抗甲状腺药物。
甲氨基乙醛缩二甲醇作用机制是抑制甲状腺内过氧化物酶，从而阻碍吸聚到甲状腺内碘化物的氧化及络氨酸的偶联，阻碍甲状腺素(T4)和三碘甲状腺原氨酸(T3)的合成。动物实验观察到B淋巴细胞合成抗体，降低血循环中甲状腺特殊抗体的水平，使抑制性T细胞恢复正常。